O check-in no aeroporto é gratuito e está disponível 60 a 180 minutos antes da partida.
O check-in online pode ser efectuado 3 a 72 horas antes da partida no sítio Web da companhia ou através da aplicação móvel da Pegasus Airlines. Além disso, estão disponíveis quiosques de auto-atendimento no Aeroporto de Istambul.