O aeroporto de Tallinn processa todos os voos num único terminal com uma sala de check-in central para todos os destinos.
É um dos aeroportos mais pequenos e muito claro. Desde a entrada do terminal até à saída, não demora mais de 10 minutos a caminhar até ao avião.
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Um único ponto de controlo de segurança no meio do átrio leva-o a uma única área de trânsito.
As portas de embarque 1 a 10 são utilizadas para voos para países do espaço Schengen. Seguem-se o controlo de passaportes e as portas de embarque 11-18 para os voos fora do espaço Schengen.
Transferências entre voos
Tallinn não é um grande aeroporto de ligação, no entanto, com a crescente companhia aérea AirBaltic, pode por vezes fazer uma ligação em Tallinn quando viaja da Finlândia ou da Letónia.
O transbordo é muito bem organizado e não tem de sair da zona de trânsito durante o transbordo, mesmo que combine o transbordo por sua conta, comprando dois bilhetes separados (se viajar apenas com bagagem de mão).
Não existe qualquer controlo de segurança ou de passaportes nos voos entre os países Schengen. Neste caso, o tempo real do transbordo é de cerca de 5 a 10 minutos.
Quando se faz a transferência de um voo Schengen para um voo não Schengen, só se passa pelo controlo de passaportes, caso contrário também se passa pela segurança. No entanto, nunca há filas de espera superiores a 10 minutos nestes controlos.