O aeroporto de Skopje utiliza um terminal comum a todos os voos. O edifício é muito pequeno, mas bem concebido. Após o controlo de segurança, é de esperar uma escassez de lugares por vezes, quando partem vários aviões ao mesmo tempo.
A orientação é fácil e as distâncias dentro do terminal são muito curtas.
O controlo de passaportes à chegada é eficiente e os tempos de espera tendem a ser da ordem dos 10-20 minutos.
Transferências entre voos
Skopje não é um aeroporto típico de transferes. A maioria dos transferes não são garantidos, ou seja, os viajantes criam o seu próprio transfer a partir de dois bilhetes independentes.
Mesmo que não tenha bagagem registada, tem sempre de passar pelo controlo de passaportes à chegada, sair e passar novamente pelo controlo de passaportes e segurança até à zona de trânsito.
Normalmente, todo o processo demora 20 a 40 minutos.