O aeroporto de Manohar dispõe de um terminal moderno comum a todos os voos. A sala de chegadas e os balcões de check-in estão situados no rés do chão.

O controlo de segurança e as portas de embarque situam-se no primeiro andar.

O terminal está dividido em secções domésticas e internacionais, mas tudo está próximo e as distâncias a pé são muito curtas.

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Controlo de imigração à chegada

Apesar de o aeroporto de Goa Manohar ter muito poucos voos internacionais, é frequente haver longas filas de espera no controlo de imigração à chegada, que podem durar mais de 60 minutos.

Transferências entre voos

O aeroporto de Manohar não é um centro de transferência e, por conseguinte, não dispõe de instalações de transferência direta.

Em caso de ligação, é sempre necessário sair da área de trânsito, atravessar a área pública até à sala de partidas, apanhar as escadas rolantes até ao primeiro andar e passar pela segurança.

O tempo total de transferência de um voo doméstico demora cerca de 30 a 40 minutos, enquanto que de um voo internacional pode demorar mais de 90 minutos devido às filas lentas na imigração.