Chania utiliza um único terminal mais pequeno e de aspeto moderno, muito fácil de navegar. As distâncias até aos aviões são curtas, mas espere grandes multidões na época de verão numa área relativamente pequena.
O check-in para os voos que entram e saem do espaço Schengen é feito num átrio comum. A distribuição ocorre após o ponto de controlo de segurança comum, com alguns portões após o controlo de passaportes, enquanto outros não.
As salas de partidas e de chegadas situam-se no rés do chão.
O aeroporto encerra entre a última e a primeira chegada, normalmente o horário de abertura é das 4:00 às 0:00.
