O aeroporto de Bilbau é servido por um único terminal, que é espaçoso e muito bem organizado. As distâncias são pequenas e não se pode caminhar mais de 150 metros desde a entrada do terminal até ao avião.
O rés do chão está reservado às chegadas, enquanto o 1º andar alberga os balcões de check-in e o único posto de controlo de segurança.
A zona de trânsito é partilhada por todos os voos. O controlo de passaportes, para além do qual se situam as portas de embarque dos voos não Schengen, está localizado depois da segurança, perto da porta B15.
Um mapa interativo de todos os terminais pode ser consultado no sítio Web oficial do aeroporto: www.aena.es/en
